Организаторами конференции являются Администрация Томской области и Неправительственный экологический фонд имени В.И. Вернадского.
Конференция проводится в рамках реализации национальных проектов «Экология», «Образование», «Культура».
С 2022 года организаторы приняли решение объединить совпадающие по времени и тематике проведения Всероссийские конференции по экологическому образованию, каждая из которых проводилась один раз в два года. Теперь масштабная Всероссийская конференция по экологическому образованию имеет две площадки проведения – г. Москва и г. Томск, которые будут чередоваться между собой.